サン・ムーンの違いをまとめました。
このサイトに来た方がおそらく求めているであろう、
育成・対戦を中心に違いをまとめています。
どっちを買うべきか迷ってる方は参考にしてください。
(少しネタバレ気味です。注意してください。)


時差

すぐわかる違いは時差があること。
ムーンは昼夜が逆転しています。
しかし、ソルガレオがいれば夜の時、昼の世界へ、
ルナアーラがいれば昼の時、夜の世界へ移動できます。
両方揃えればいつでも昼と夜を切り替えられるので
自分の生活リズムにあった方を買う必要はありません。
あと、時計をいじれば調整できるのであまり重要な違いではありません。




出現ポケモンの違い

サン限定でアローラロコン、ムーン限定でアローラキュウコン、
などの違いはありますが、GTSなどの交換を使って手に入れれば
孵化を利用して増やせるので大した問題ではありません。
ただし、イワンコ→ルガルガンの進化でどの姿に進化するかはバージョンによって違うので、
違うバージョンでしか手に入らないルガルガンの姿を手に入れるのは面倒です。
伝説以外のポケモンの違いだとルガルガンの姿が決め手になるかと思います。
(知り合いに頼めば進化させてくれる人がいるなら問題ないです。)
ちなみに、ルガルガンの違いは次の通りです。

ルガルガン(真昼の姿)
745
種族値:75-115-65-55-65-112
真夜中の姿と比べて素早くなった代わりに耐久が下がった。
専用技のアクセルロックを持つ。
アクセルロックは威力40の岩タイプの先制技。

ルガルガン(真夜中の姿)
745-m
種族値:85-115-75-55-75-82
真昼の姿と比べて耐久が上がった代わりに遅くなった。
専用技は特に無し。




出現ポケモンの違い(準伝・伝説)

おそらく一番気になるであろう準伝説・伝説ポケモンの違いです。
(両方で出るポケモンは省略しています。)

サン
ムーン
備考
791

ソルガレオ
792

ルナアーラ
ソフト1本で2体手に入ります。
2体目は進化前のポケモンが手に入り、
進化させるときにサンかムーンかでどちらになるか分かれるので、
持ってないバージョンを持っている知り合いに協力してもらえば
揃えることは可能です。
794

マッシブーン
795

フェローチェ

798

カミツルギ
797

テッカグヤ
テッカグヤはかなり人気があります。

テッカグヤがかなりの人気を誇っているので、ムーンの方がよさそうです。




育成環境の違い(レベル上げ)

今作ではすごい特訓で個体値(生まれながらに持つ能力)を上げることができます。
ただし、すごい特訓をするためにはレベルを100まで上げる必要があります。
レベル上げを効率よく行う方法として、フェスサークルのお店を利用する方法があります。
ふしぎキッチン★5を2件建てる(1件でもできます)方法ですが、
サンではランクアップ報酬でふしぎキッチン★5を紹介される可能性がありますが、
ムーンでは紹介されません
では、ムーンでは建てられないのかというとそうではありませんが、
サンでは無料で建てられるチャンスがあるのに対して、
ムーンではFCと呼ばれるフェスサークルで使える通貨を使用してしか建てられません。
1件建てるのに必要なFCは1500、2件建てるには4500必要です。(同じ店複数で必要FC増えるので)
ちなみに、1体レベル100を作るのに必要なFCは大体800です。
ムーンで2件建てるFCがあればサンで5体はレベル100を作れます。
レベル上げに関してはサンの圧勝です。
ただし、ムーンでも苦労はしますが同じ環境は作れます。




育成環境の違い(努力値上げ)

野生ポケモンを倒す振り方ではほぼ違いはないです。
特攻を上げるときにムーンの方が少し選択肢が多い程度。
ただし、フェスサークルを利用する場合は大きく違います。
ムーンではHACSに252一気に振れる店舗が出現します。
サンではBDに252振れる店舗が出現します。
ただし、これもレベル上げと同様、
FCさえあればどのバージョンでも立てることは可能です。
また、野生ポケモンを倒してもそれなりに効率はいいので、
決定的な差ではないと思います。




結論

準伝・伝説をしっかり5Vまで上げて使っていきたいなら、サンの環境が欲しい
めざパ炎を最速にしたいとかいう場合にもサンの環境があれば有利。
ただし、出てくる準伝はムーンの方が強い。